自然科学基金泛指各国多地设立的为激励自然科学创新与发展而设立的基金项目。著名的有中国国家自然科学基金（National Natural Science Foundation of China）、美国国家科学基金（National Science Foundation, U S）、爱尔兰科学基金（Science Foundation Ireland）、捷克科学基金（Czech Science Foundation ）、欧洲科学基金（European Science Foundation）等。在我国，一般特指中国国家自然科学基金。另外，各省区亦常有相应级别的自然科学基金设立。
自然科学基金的申请流程：
1．“十一五”阶段巨大项目只受理整体申请，要分别撰写项目申请书和课题申请书，不受理针对某个项目指南的部分研究内容或一个课题的申请。每个项目课题设置不胜过5个，每个课题一般由1个单位承受，最多不胜过2个，项目承受单位数不多于5个；项目主持人务必是其中1个课题的主管；资助力度1000万元，研究期限为4年。
2．申请人应该认真阅读本通告和项目指南，不符合通告和项目指南的申请将不予受理。
3．巨大项目（包含课题）申请人除具备《国家自然科学基金条例》中所规定的依托单位科学技术人士申请国家自然科学基金资助的基本条件外，还务必具有高级专业技术职务（职称）。
4．限项规定：巨大项目与其余有关类型项目共同限项申请。巨大项目申请人（包含具有高级专业技术职务的项目组首要参与者）申请和承受面上项目、着重项目、巨大项目、巨大研究计划项目、联合基金项目以及依照面上项目、着重项目管理的专项项目的总数不能胜过3项，而且申请和承受着重和巨大项目的项数合计限为1项。
5．申请书采取2009年版，请在本通告公布之后自行登陆自然科学基金委网站下载中心下载。申请书的正文应该依照巨大项目正文撰写提纲撰写。假使申请人已经承受与本巨大项目有关的巨大研究计划项目和国家其余科技计划项目，须在数据正文的“研究基础”部分表明本申请项目与其余有关项目的区别与联系。
6．此次发布的12个巨大项目指南纳入2009年度基金项目申请的集中接收规模，从2009年3月2号开始，3月20号16时截至（法定节假日不办公）。3月16-20日在自然科学基金委接收现场集中办公。
7．依托单位须在截至时间（2009年3月20号16时）以前通过互联网报送电子申请书，报送方式可选择：（1）通过自然科学基金项目申报系统（MiniIRIS系统）打包发布；（2）通过基金项目管理ISIS网络信息系统逐项提交。
8．所有申请均须通过依托单位报送电子申请书和1份签字盖章的纸质申请书原件，且电子申请书与纸质申请书的内容务必统一。报送纸质申请材料要求有依托单位公函、申请项目清单和纸质申请书原件，不接收个人直接报送的申请。
9．纸质申请材料可直接送至自然科学基金委。邮寄报送的申请材料，请提早以速递方式直接寄自然科学基金委集中接收工作组（以发信邮戳日期为准），并在信封左下角标注“巨大项目申请材料”。请勿运用包裹，以免延期申请。